苗族医药的起源很早。苗族民间有“千年苗医，万年苗药”之说，而苗族医药见诸史籍的时间也很早。西汉刘向在《说苑·辨物》中说：“吾闻古之为医者曰苗父。苗父之为医也，以营为席，以刍为狗，北面而祝，发十言耳。诸扶之而来者，举而来者，皆平复如故。”“苗父”者谁？有的学者认为：“刘向《说苑》说上古有人名苗父，……这个苗父就是黎、苗族的巫师(巫医)，巫师治病主要是祈祷禁咒术，但也逐渐用些酒、草等药物”(《中国通史简编》)。

有的学者认为，汉族文献所记的苗父，就是苗族传说中的“药王爷”。湘黔交界的苗族人民说，药王爷是一个周身透明、状如玻璃、有翼能飞的神人，他不畏艰难险阻，披星戴月为人民“岔税岔嘎”(东部苗语即“寻找药方”)，这个传说流传很广，苗族东西部地区均有“一个药王，身在八方；三千苗药，八百单方”的歌谣。至今黔西南州安龙、贞丰、晴隆等地的苗医，还非常崇敬“药王”，在行医过程中治好病，就要以杀鸡祭祖的方式来敬祭“药王”。这个传说同《淮南子》记载的“神农尝百草”的传说非常类似，《山海经》云：“黑水之北，有人有翼，名曰苗民。”其中“有翼”和“有翅”、“透明”的传说，均是神话时代苗族先民的特征，这说明苗族医药是起源于上古神话时代的。

由于苗族本身无本民族文字和史实的记载，故其医药的起源难于考证，但从众多的其他文献和传说、古歌中，仍可窥知其具体情况，其特点一是起源较早，历史悠久；二是起源于苗族人民生产和生活实践。苗族由于生活于药物资源十分丰富的地区，较早地了解和掌握了植物的知识和药用价值。至今在苗族地区，几乎每人都能认识掌握几种甚至几十种药物治疗方法，有些地方家家户户门庭院落房前房后皆种植一些常用药物，形成人们应用草药极为普遍的特点，具有“百草皆药，人人会医”之称，史载楚国巫师经常用苗药作巫具，《楚辞》中有不少记有被称为“苗药’、的“菖蒲”和“泽兰”，长沙马王堆一、二号汉墓把“泽兰”作为殉葬品，说明了苗药的历史悠久和广泛应用。汉武帝时唐蒙在南越吃到枸酱，问从何来，曰：“道西北(yangke江)”(《史记·西南夷列传》)，即古夜郎境内，《兴仁县志》载：“山产萎(草头加弱)，花如流藤，叶如荜茇，子如桑椹。苗家沥其油，醢为酱，味亦辛香。取其叶，裹槟榔食之，谓可辟瘴，苗女持赠所欢，以为异品。”兴仁在古夜郎境内，从上述记载，可知苗族开发植物资源作为食品和药物的历史悠久。苗族“古歌”中关于远古发现药物的故事也很多，如黔东南一首叫《垫哈》的古歌，说的是哈哥小时不幸被虎背去，十年未返，后被父母找回时，野性不改，声音嘶哑不能说话，一次他跑出去到河边吃了很多浮萍，哈哥不但能说话了，还改掉了野性，苗家因此积累了浮萍能治嘶哑病的经验。

虽然苗族生活在植被繁茂、药物丰富的地区，但苗族早期迁徙频繁，所到之处大多是人迹罕至的荒僻山区和瘴疠之乡，自然条件十分恶劣，但这种环境反而锻炼了苗族生存斗争的能力。在这种特定的条件下，如果没有起源较早的医药活动，绝对不能保证民族得到生存和繁衍。苗族的许多有名的治疗方法和用药经验，就是来源于这种生存斗争。如苗医著名的糖药针疗法，是一种独特的外治疗法，此法广泛流传于贵州西南和西北大部分地区，贵州关岭镇宁、紫云等地的苗医，用此法几乎走遍了全国各地。糖药针疗法溯源于古老的弓弩上应用的弩药，从弩药的成份上看，主要是古代苗人将“见血封喉”的剧毒药汁敷涂于弩箭尖上，以猎取虎豹等凶猛动物，《宋史·蛮夷列传》载，蛮夷人(主要指苗瑶民族)“其保聚山险者，虽有畲田，收谷粟甚少，但以药箭射生，取鸟兽尽，即徙他处。善为药箭，中者大叫，信宿死，得药解之即。”至今苗族仍有狩猎习惯，古代苗族应用弩药是可以肯定的，但其他民族也有弩药，而苗族都能将它应用在治病上，可谓是一创造。苗族在应用弩药的漫长过程中，配制者为适应治病的需要，有意减去了其中的剧毒成份，加入蜂糖等降低药物毒性的成份，用特制的排针或三棱针沾药汁刺于患处，其操作简便，治疗迅速，副作用小，糖药针是苗医独特的外治法，是起源于苗族古代狩猎活动而发明的弩药，这正是苗族医药起源于古代生活和生产实践的有力佐证。